Мальчик по имени Моно просыпается в лесу после того, как он увидел сон о том, что он идёт по длинному коридору, который ведёт к двери с символом в форме глаза на ней. Уклонившись от ловушек, разбросанных в лесу, Моно приходит в дом, принадлежащий Охотнику — таксидермисту, делающему из своих жертв чучела. В доме он встречает маленькую девочку — Шестую, играющую со своей шкатулкой, которую держит в плену Охотник. Моно предлагает помочь девочке, которая сначала отказывается и убегает, но вскоре принимает его помощь и становится его спутницей.

Во время игры Моно отвлекает таинственная трансляция из телевизоров, разбросанных по всему городу. Прикасаясь к телевизору с трансляцией, Моно перенастраивает волну и попадает в тот самый таинственный коридор с дверью с символом глаза, и постоянно пытается добежать до двери, однако Шестая всегда вытаскивает его до того, как он добежит.

Моно и Шестая убегают из дома Охотника, преодолевая реки и болота, они попадают в сарай и находят там ружьё. Преследуемый их Охотник пытается прорваться в сарай, однако Моно и Шестая убивают его из найденного ружья. Соорудив импровизированный плот, Моно и Шестая покидают остров. Преодолев море, герои попадают в Бледный город — полуразрушенный мегаполис с множеством искажённых зданий, окутанный постоянными дождями, тьмой и туманом.

Дети попадают в школу, в которой сталкиваются с Учительницей-рокурокуби и школьными учениками в виде живых фарфоровых кукол. Ученики берут Шестую в заложники, но Моно спасает её. Убегая от преследующей их учительницы, герои сбегают из школы.

Пройдя часть города, Моно и Шестая попадают в Больницу, где они сталкиваются сначала с пациентами-манекенами и их отдельными частями тел, боящимися прямого света, а затем с Доктором, ползающим по потолку, проводящим жестокие эксперименты над своими пациентами, превращая их в живых манекенов с протезами в разных частях тела. Моно и Шестая разделяются, чтобы выбраться, уклоняясь от Доктора и пациентов. Позже они заманивают Доктора в кремационную печь и, в зависимости от желания игрока, либо сжигают его заживо, либо оставляют в ловушке внутри, и покидают Больницу.

Моно и Шестая попадают в Бледный город. По мере того как дети продвигаются вперёд, они обнаруживают, что большинство жителей Бледного города превратились в Зрителей — монстров с искажёнными лицами, вызванными длительным просмотром трансляции и зависимостью от телевизоров. Дети также узнают, что трансляция ведётся с башни-Маяка в центре города. Когда Моно в очередной раз проникает через телевизор в коридор с дверью, он, наконец, открывает дверь, и из экрана телевизора выходит высокорослый старик, именуемый в игре как «Худой человек», и начинает преследовать детей. Худой человек похищает Шестую и через Передачу уводит её в башню-Маяк. Моно отправляется к Башне, перемещаясь через телевизоры. В попытке высвободить Шестую из Передачи, Моно сталкивается с Худым человеком. Перед битвой, Моно снимает свой пакет с головы, и вступает в битву с Худым Человеком. В процессе битвы, Моно убивает Худого человека и с помощью своих сил искажает пространство и перемещается к башне.

Попав в башню, Моно обнаруживает внутри множество дверей-порталов. Ориентируясь на мелодию, исходящую из музыкальной шкатулки, Моно добирается до комнаты, где находится Шестая. Моно обнаруживает, что она превратилась в огромного монстра с кривыми конечностями, одержимого музыкальной шкатулкой. Моно ломает шкатулку топором и Шестая возвращается в прежний вид.

На Моно и Шестую внезапно нападает больших размеров биомасса с многочисленными глазными яблоками, попутно разрушая внутренности башни. Дети бегут от преследующей их биомассы, и оказавшись на мосту перед обрывом, Моно прыгает и Шестая хватает его за руку, и, спустя несколько секунд, Шестая отпускает руку Моно и уходит одна в дверь-телевизор. Моно выживает, упав на мягкую биомассу. Немного побродив по ней, он взбирается на самую её вершину, садится на стул и спустя время вырастает и становится Худым человеком.

Если за Моно собрать все тени детей, после титров появляется секретная концовка, в которой Шестая выпадает из телевизора, встречает Тёмную Шестую, начинает испытывать голод, и они обе устремляют взгляд на бумагу с изображением Чрева.