Немного поздновато, но сам столкнулся с этим багом и нашел шаманский способ решения проблемы. Может быть, будет кому-то актуально в свете желания перепройти игры перед выходом следующий игры франшизы.

Так уж получается, что я оказался в числе тех, кто столкнулся с этим квестом после прохождения лаборатории X8. Велика вероятность столкнуться с багом, когда зависает или интерфейс, или Ковальский, или происходит еще что-то, что мешает продолжить игровой процесс или просто не даёт квесту активироваться.

Обнаружено следующее решение проблемы:
Просто пойти поспать (не вам встать из-за компьютера, а в игре, если что).
Прямо на Припяти в лагере военных уснул на сутки и проблема решилась, квест запустился, отыгрался без проблем и удалось получить желаемую концовку.
Теория:
Надо просто дождаться выброса и прохождение квеста станет возможным без каких-либо проблем.